O troškovima postupka zaštite prava odlučuje Republička komisija. Odluka Republičke komisije o troškovima ima svojstvo izvršnog naslova.

Naknadu troškova postupka zaštite prava moguće je tražiti do donošenja odluke naručioca, odnosno Republičke komisije, o podnetom zahtevu za zaštitu prava.

Ako je zahtev za zaštitu prava osnovan, naručilac mora podnosiocu zahteva za zaštitu prava na pisani zahtev nadoknaditi troškove nastale po osnovu zaštite prava. U tom smislu, neophodno je da je zahtev za naknadu troškova postupka zaštite prava istaknut do trenutka donošenja odluke naručioca, odnosno odluke Republičke komisije. U protivnom, podnosilac zahteva za zaštitu prava naknadnim isticanjem zahteva za naknadu troškova nema pravo na njihovu naknadu. Dakle, zahtev za naknadu troškova postupka zaštite prava u kojem isti moraju biti precizno navedeni, može biti opredeljen u samom zahtevu za zaštitu prava ili kasnije posebnim podneskom, do trenutka donošenja odluke naručioca, odnosno odluke Republičke komisije.

Ako zahtev za zaštitu prava nije osnovan, podnosilac zahteva za zaštitu prava mora naručiocu na pisani zahtev nadoknaditi troškove nastale po osnovu zaštite prava. Naručilac može tražiti naknadu troškova postupka zaštite prava do donošenja odluke Republičke komisije. U protivnom, naručilac  gubi pravo na naknadu troškova zaštite prava. Naručilac mora precizno opredeliti troškove za koje traži naknadu.

Ako je zahtev za zaštitu prava delimično usvojen, Republička komisija odlučuje da li će svaka stranka snositi svoje troškove ili će troškovi biti podeljeni srazmerno usvojenom zahtevu za zaštitu prava.