О трошковима поступка заштите права одлучује Републичка комисија. Одлука Републичке комисије о трошковима има својство извршног наслова.

Накнаду трошкова поступка заштите права могуће је тражити до доношења одлуке наручиоца, односно Републичке комисије, о поднетом захтеву за заштиту права.

Ако је захтев за заштиту права основан, наручилац мора подносиоцу захтева за заштиту права на писани захтев надокнадити трошкове настале по основу заштите права. У том смислу, неопходно је да је захтев за накнаду трошкова поступка заштите права истакнут до тренутка доношења одлуке наручиоца, односно одлуке Републичке комисије. У противном, подносилац захтева за заштиту права накнадним истицањем захтева за накнаду трошкова нема право на њихову накнаду. Дакле, захтев за накнаду трошкова поступка заштите права у којем исти морају бити прецизно наведени, може бити опредељен у самом захтеву за заштиту права или касније посебним поднеском, до тренутка доношења одлуке наручиоца, односно одлуке Републичке комисије.

Ако захтев за заштиту права није основан, подносилац захтева за заштиту права мора наручиоцу на писани захтев надокнадити трошкове настале по основу заштите права. Наручилац може тражити накнаду трошкова поступка заштите права до доношења одлуке Републичке комисије. У противном, наручилац  губи право на накнаду трошкова заштите права. Наручилац мора прецизно определити трошкове за које тражи накнаду.

Ако је захтев за заштиту права делимично усвојен, Републичка комисија одлучује да ли ће свака странка сносити своје трошкове или ће трошкови бити подељени сразмерно усвојеном захтеву за заштиту права.